La Iglesia Presbiteriana-Ortodoxa en el Ecuador sigue la visión doctrinal de la primitiva iglesia Cristiana y de las fórmulas trinitarias históricas de la iglesia occidental. Siendo fiel a las escrituras, toma a la Biblia como verdadera palabra de Dios, palabra que es autoridad para la fe y vida del Creyente.
La Iglesia Presbiteriana-Ortodoxa en el Ecuador pertenece a la rama reformada, siendo unos de los grandes mentores de esta reforma Juan Calvino, en Ginebra (Suiza) y John Knox en Escocia, entre otros. Nuestra iglesia sostiene los dos sacramentos instituidos por Cristo: el Bautismo y la Santa Cena, tales nos son descritos y explicados en la Biblia, en la confesión de Fe y en los escritos de Juan Calvino. Los estándares doctrinales tienen basamentos en la Biblia y en la Confesión de fe de Westminster con sus catecismos menor y mayor.
Nuestra posición está centrada en la defensa de las doctrinas bíblicas y son expresadas a través del sistema teológico reformado -ya delineado por Juan Calvino y sus seguidores-, que consideramos el exponente fiel de las Escrituras dado durante el periodo de la reforma y en nuestros días.